船舶每年攜帶的壓載水約有1.2×1011t，每天存在于船舶壓載水中隨船周游的生物多達7000種，許多細菌、植物和動物經過數月的航程仍存活于壓載水及其沉積物中，船舶到岸時為空出噸位，這些生物隨著壓載水被排放到港口國水域。由船舶排放壓載水引發的外來生物入侵已成為海洋中有害生物傳播的主要途徑，破壞了海洋生態并給造成大的經濟損失。
1、對于航行船舶
船舶在距陸地3海里以外，排放業經粉碎和消毒的生活污水，或在距陸地12海里以外排放未經粉碎或消毒的，或來自儲存活動物處所的生活污水。但不論哪種情況，不能將集污艙中儲存的生活污水排光，而應在船舶以不低于4節的航速航行時，以適當的速率排放；排放速率應經主管機關根據海事組織制訂的標準予以同意；或船舶所配備的正在運行的經同意的生活污水處理裝置已由主管機關驗證符合本附則中所述的操作性要求；此外，排出物在其周圍的水中不應產生可見的漂浮固體，也不應使周圍的水變色。
2、對于內河船舶
（1）航行于內河水域的船舶，其生活污水不應隨意向水域排放。船舶生活污水應排至接收設施或經生活污水處理裝置處理達到排放標準后才能排往水域。
（2）經過處理的船舶生活污水的排放應避開取水源，并不應在停靠碼頭時排放。
（3）經過處理的船舶生活污水的排放應進行控制，排放應在船舶航行中進行。
（4）航行于京杭運河的船舶的生活污水應貯存在船上，排放給接收設備，嚴禁將生活污水排往水域。
（5）餐飲躉船(餐飲供給船)的餐飲污水不應向水域排放，應排放至污水貯存艙(柜)，由船/岸部門予以接收。
（6）內河客船的餐飲污水不應向水域排放，應貯存在專門的容器中，由船/岸部門予以接收。
（7）不在規定范圍內的小型船舶應盡可能采用簡易的收集設備和措施、不要將未處理的污水直接排往水域。
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